（一）办公室。负责文电、会务、财务、机构编制、干部人事、档案、机要、国有资产管理等日常运转工作。承担保密、信息、绩效管理、政务公开、信访等工作。组织办理人大代表建议、政协委员提案。负责院目标管理、依法治市、“五创联动”、精神文明建设、环境保护、应急安全、综治维稳及信息化建设工作。

（二）科技合作科。负责农林知识产权保护、科技成果管理与转化工作；负责智力、技术引进工作；负责对外科技交流与合作工作；负责农林科技人员培训、科技信息、科普宣传工作；完成上级交办的其他任务。

（三）茶叶研究所。负责茶树品种选育、栽培、茶叶加工、新产品开发、茶叶经济、病虫害绿色防控技术研究；负责本地优势茶树品种资源的收集、鉴定、保存下、利用；负责茶叶技术引进、集成、创新与应用推广，茶叶技术的咨询、技术服务、技术培训等工作；负责起草茶叶种植及加工技术区域性地方标准；负责申报实施茶叶科技项目（课题），申报科技成果；完成上级交办的其他任务。

（四）道地药材研究所（中药材研究所）。负责道地药材种植资源收集、鉴定、保存、利用，品种、栽培、病虫害绿色防控及产地初加工技术的引进、集成、创新与应用推广；负责中药材技术咨询、技术服务、技术培训等服务；负责申报实施道地药材、中药材科技项目（课题），申报科技成果；完成上级交办的其他任务。

（五）经济林研究所。负责核桃、花椒等经济林木的良种选育、苗木繁育、栽培管理、病虫害防治、产品采摘及初加工等技术研究；负责经济林种质资源收集圃、良种采穗圃、苗围基地建设和高效栽培示范基地建设技术支撑；负责经济林木相关地方标准、技术规范的研究；负责经济林木技术指导、技术咨询、技术培训、技术服务及成果转化；负责经济林木综合利用和产业建设等相关技术的研究；负责申报实施经济林木科技项目（课题），申报科技成果；完成上级交办的其他任务。

（六）畜牧兽医水产研究所。负责南江黄羊、青峪猪、山地梅花鸡、空山黄牛、大鲵、江口青鳙等地方畜禽、牧草及水产优质种质资源收集、鉴定、保存与利用；负责畜牧、兽医、牧草与水产技术引进、集成与创新研究；负责畜牧、牧草、兽医与水产技术交流、咨询、培训与服务；负责申报实施各级畜牧、兽医、牧草、水产等相关科技项目（课题），负责申报畜牧、兽医、牧草、水产等科技成果；完成上级交办的其他任务。

（七）农业生态与环境研究所。负责农药与化肥减量、农业防灾减灾、农业资源高效利用、土壤改良与耕地保护、植物营养与高效施肥（药）、农田重金属污染土壤修复、农业环境保护与控制等农业生态与环境领域技术引进、集成与创新研究；负责新型农药、肥料研发及农业污染检测；负责农村人居环境治理技术引进、集成与创新研究；负责农业生态与环境技术交流、咨询、培训与服务；负责申报、实施各级生态与环境技术科技项目（课题），负责申报农业生态与环境科技成果；完成上级交办的其他任务。

（八）果蔬研究所。负责通注银耳、恩阳芦笋、大罗黄花、空山马铃薯等水果、蔬菜（食用菌）种质资源收集、鉴定、保存与利用；负责水果、蔬菜（食用菌）品种引进、选育、繁育；负责水果、蔬菜（食用菌）优质高效及标准化栽培技术、病虫害绿色防控等技术引进、集成与创新研究；负责水果、蔬菜（食用菌）技术交流、咨询、培训与服务；负责申报、实施各级水果、蔬菜（食用菌）科技项目（课题），负责申报水果、蔬菜（食用菌）科技成果；完成上级交办的其他任务。

（九）分析测试中心。负责指导各区县农林产品质量检验检测单位及相关生产、收购、贮存和运输单位质量检验检测机构的业务技术工作，开展食用农林产品的质量标准、检验方法及相关安全性、有效性的研究工作，承担食用农林产品质量安全检验检测及农业、林业投入品（农药、兽药、饲料和饲料添加剂、肥料等）和产地环境（土壤、灌溉水等）的检验检测任务，负责申报相关科技项目（课题）和科技成果，完成上级交办的其他任务。